显微镜的光学系统主要包括物镜、目镜、反光镜和聚光器四个部件。广义的说也包括照明光源、滤光器、盖玻片和载玻片等。
（一）、物镜
物镜是决定显微镜性能的最重要部件，安装在物镜转换器上，接近被观察的物体，故叫做物镜或接物镜。
物镜的放大倍数与其长度成正比。物镜放大倍数越大，物镜越长。
1．物镜的分类
物镜根据使用条件的不同可分为干燥物镜和浸液物镜；其中浸液物镜又可分为水浸物镜和油浸物镜（常用放大倍数为90—100倍）。
根据放大倍数的不同可分为 低倍物镜（10倍以下）、中倍物镜（20倍左右）高倍物镜（40—65倍）。
根据像差矫正情况，分为消色差物镜（常用，能矫正光谱中两种色光的色差的物镜）和复色差物镜（能矫正光谱中三种色光的色差的物镜，价格贵，使用少）。
2、物镜的主要参数：
物镜主要参数包括：放大倍数、数值孔径和工作距离。
（二）、目镜因为它靠近观察者的眼睛，因此也叫接目镜。安装在镜筒的上端。
1．目镜的结构
通常目镜由上下两组透镜组成，上面的透镜叫做接目透镜，下面的透镜叫做会聚透镜或场镜。上下透镜之间或场镜下面装有一个光阑（它的大小决定了视场的大小），因为标本正好在光阑面上成像，可在这个光阑上粘一小段毛发作为指针，用来指示某个特点的目标。也可在其上面放置目镜测微尺，用来测量所观察标本的大小。
目镜的长度越短，放大倍数越大（因目镜的放大倍数与目镜的焦距成反比）。
2．目镜的作用
是将已被物镜放大的，分辨清晰的实像进一步放大，达到人眼能容易分辨清楚的程度。
常用目镜的放大倍数为5—16倍。
3．目镜与物镜的关系物镜已经分辨清楚的细微结构，假如没有经过目镜的再放大，达不到人眼所能分辨的大小，那就看不清楚；但物镜所不能分辨的细微结构，虽然经过高倍目镜的再放大，也还是看不清楚，所以目镜只能起放大作用，不会提高显微镜的分辨率。有时虽然物镜能分辨开两个靠得很近的物点，但由于这两个物点的像的距离小于眼睛的分辨距离，还是无法看清。所以，目镜和物镜即相互联系，又彼此制约。
（三）、聚光器
聚光器也叫集光器。位于标本下方的聚光器支架上。它主要由聚光镜和可变光阑组成。其中，聚光镜可分为明视场聚光镜（普通显微镜配置）和暗视场聚光镜。
1．光镜的主要参数
数值孔径（NA ）是聚光镜的主要参数，最大数值孔径一般是1.2—1.4，数值孔径有一定的可变范围，通常刻在上方透镜边框上的数字是代表最大的数值孔径，通过调节下部可变光阑的开放程度，可得到此数字以下的各种不同的数值孔径，以适应不同物镜的需要。有的聚光镜由几组透镜组成，最上面的一组透镜可以卸掉或移出光路，使聚光镜的数值孔径变小，以适应低倍物镜观察时的照明。
2、聚光镜的作用
聚光镜的作用相当于凸透镜，起会聚光线的作用，以增强标本的照明。一般地把聚光镜的聚光焦点设计在它上端透镜平面上方约1.25mm处。（聚光焦点正在所要观察的标本上，载玻片的厚度为1.1mm左右）
3．可变光阑
可变光阑也叫光圈，位于聚光镜的下方，由十几张金属薄片组成，中心部分形成圆孔。其作用是调节光强度和使聚光镜的数值孔径与物镜的数值孔径相适应。可变光阑开得越大，数值孔径越大（观察完毕后，应将光圈调至最大）。
（四）反光镜
反光镜是一个可以随意转动的双面镜，直径为50mm，一面为平面，一面为凹面，其作用是将从任何方向射来的光线经通光孔反射上来。平面镜反射光线的能力较弱，是在光线较强时使用，凹面镜反射光线的能力较强，是在光线较弱时使用。
反光镜通常一面是平面镜，另一面是凹面镜，装在聚光器下面，可以在水平与垂直两个方向上任意旋转。
反光镜的作用是使由光源发出的光线或天然光射向聚光器。当用聚光器时一般用平面镜，不用时用凹面镜；当光线强时用平面镜，弱时用凹面镜。
观察完毕后，应将反光镜垂直放置。
（五）照明光源
显微镜的照明可以用天然光源或人工光源
1．天然光源
光线来自天空，最好是由白云反射来的。不可利用直接照来的太阳光。
2．人工光源
①、对人工光源的基本要求：有足够的发光强度；光源发热不能过多。
②、常用的人工光源：显微镜灯；日光灯
（六）滤光器
安装在光源和聚光器之间。作用是让所选择的某一波段的光线通过，而吸收掉其他的光线，即为了改变光线的光谱成分或削弱光的强度。分为两大类：滤光片和液体滤光器。
（七）盖玻片和载玻片
盖玻片和载玻片的表面应相当平坦，无气泡，无划痕。最好选用无色，透明度好的，使用前应洗净。
盖玻片的标准厚度是0.17±0.02mm，如不用盖玻片或盖玻片厚度不合适，都会影响成像质量。
载玻片的标准厚度是1.1±0.04mm，一般可用范围是1—1.2mm，若太厚会影响聚光器效能，太薄则容易破裂。
