单道流动注射分析法
这种方法是最简单，也是较常用的方法。
多道流动注射分析法
当两种以上的试剂混合后会发生化学变化时，可采用这种方法。
各种试剂可以在不同时间，不同合并点加入到管路中，最后进入流通流进行检测。
合并带法
合并带法是采用多道注射阀同时分别注入试剂和试样，使试剂和试样在各自的管道中，由同速的载流推进，并在适合电汇合成两者的合并带。在这个方法中，所使用的载流为蒸馏水或缓冲溶液，大大的节省试剂。
还可以采用断续流动法的合并带体系。当试样从S注入载流时（载流为水和缓冲液），启动泵为I，停闭泵Ⅱ，载流把试样带推进到距合并点某一位置上，由计时器T停闭泵I，并启动泵Ⅱ，继续推进载流，并同时加入试剂R，当试样带全部通过合并点后，又启动泵I，停闭泵Ⅱ。
双注样法
双注样法是利用双通道同步注入阀将试样溶液分别同时注入到两种不同流路的载流中。
注入的试样塞可以一前一后地通过同一检测器。也可以通过两个相同或不同的检测器分别检测。该法主要用于同一试样中两种不同物质的流动注射分析。
停流法
采用流停法，可以有效地适用于化学反应缓慢地分析体系。该法是在试样分散带进入流通检测器的某适当时间内准确停泵（包括停泵时刻及停泵的时间长度），记录反应混合液在静止状态下进一步反应过程中发生的变化（如吸光度的变化等）使反应逐渐趋于完全，提高测定的灵敏度。它已应用于测定反应常数、研究反应机理、慢反应分析和有色试样分析等。
填充反应器
在FIA中，有时需用固态试剂，如作为还原剂的Zn粒Cd粒、不溶性酶或离子交换树脂等。这时必须把试剂的固体颗粒装入柱中并与反应管路相连，构成填充反应器。这种反应器主要有填充还原反应器、固定化酶反应器和离子交填充反应器等。
