移液器应根据使用频率进行定期维护，但至少每隔3个月维护一次，检查移液器是否有灰尘和污物，尤其注意其嘴锥部位。长期维护时需要清洁移液器内部，必须由经培训合格的人员拆卸 。
1.移液器的清洁
内部的清洁需要先拆卸移液器下半部分，拆卸下来的部件用肥皂水、洗洁精或60%异丙醇来擦洗，再用双蒸水冲洗，晾干，再在活塞表面用棉签涂上一层薄薄的起润滑作用的硅树脂；密封圈一般无需清洗。
2.移液器的消毒
可采用常规高温高压灭菌处理或紫外线照射灭菌进行消毒。
3.移液器上污染核酸的去除
将移液器下半部分拆卸下来的内、外套筒，在95℃清洗液中浸泡30分钟，再用双蒸水将套筒冲洗干净，60℃下烘干或完全晾干，最后在活塞表面涂上润滑剂(硅树脂)并将部件组装。
