色谱柱是HPLC系统非常关键的一部分，随着色谱技术的发展，它也不断地更新换代，长度变得越来越短，填料颗粒也越来越细。现在常用的色谱柱长度在30～250 mm，颗粒直径在1.6～5μm。颗粒类型主要有全多孔和表面多孔，全多孔填料具有更大的柱容量、更多键合相选择的优点，表面多孔具有反压低、峰形好的优点。
最常用的基质是硅胶。以前填料纯化技术不是很成熟，十八烷基键合到硅胶表面不是很完全，硅胶上总是少量的硅羟基裸露在外面。这样就造成样品在进行色谱分离的时候，会吸附或者键合在这部分硅羟基上，导致色谱峰拖尾。使用三乙胺作为封尾剂，先行与硅羟基吸附，可以使峰型改善，这个三乙胺曾经一度成为分析界的宝贝和机密。现在，制造填料的技术日趋成熟，人们已经掌握了把这部分剩余未键合硅胶也进行键合钝化的技术，这个技术就叫作封尾。
现在每家色谱柱的制造商都有其独特的键合技术，常规的键合基团有C8、C18、苯基、氨基、五氟苯基、氰基、裸硅胶等。以下简单介绍一下每种色谱柱的适用范围。
1、C18柱C18色谱柱是最常用、每个实验室必备的通用型色谱柱。填料是硅胶基质上键合十八烷基，有较高的碳含量和较好的疏水性，适用于大多数化合物，包括非极性、极性小分子及一些多肽及蛋白质。随着每家色谱柱制造商的研发，C18柱的类型还在不断增加。适用pH范围由原来的2～8，发展到现在1～14，与纯水相的兼容性越来越好，某些色谱柱即使长时间使用100%水相，也不会发生填料疏水塌陷。对于每位实验人员来说，可供选择的范围日趋广泛。
2、苯基柱苯基柱与C18柱相似，是在硅烷基上键合一个苯环。这造成了对于有些特殊的化合物(如芳香族化合物)在反相保留时与C18有不同的选择性。在某些条件下，可以将C18无法分离的化合物分离。
3、五氟苯基柱五氟苯基柱的填料颗粒是硅烷基上键合一个五氟苯基。与常规的C18保留机制相似，但提供了不同的分离选择性，提高了对极性样品的保留，特别是对卤族化合物。
4、氨基柱氨基柱是在硅胶的硅羟基上键合了酰胺基，属于HILIC模式的色谱柱，其保留机制比较复杂，主要是液液分配、吸附作用、离子相互作用和亲水性保留作用的多模式组合。主要用于分析极性大的化合物，还适合用于糖类化合物的分析，如1，5一脱水葡萄糖醇。主要的优点是可以使用高有机相分析反相保留弱的化合物，对质谱离子化有更好的兼容性，提高检测灵敏度。
5、裸硅胶柱未杂化的硅胶颗粒色谱柱在日常的分析中也常用于液相色谱一质谱联用方法，硅胶柱与氨基柱有相似的保留基质及优点，同属HILIC模式的色谱柱。主要用于极性化合物的分析，特别是强极性碱性水溶性化合物，如生物碱、肾上腺素系列
